这篇奥密克戎起源论文在Science发表后20天就被撤稿，因样本污染导致错误结论

作者|王聪 来源|生物世界(ID：ibioworld)

新冠病毒Omicron突变株于2021年11月在非洲的博茨瓦纳和南非首次被发现，之后迅速传播到世界各地，自那时以来，Omicron很快成为新冠主要流行株并持续至今。但它的确切起源一直是个谜，部分原因是Omicron与之前流行的突变株如此不同。

2022年12月1日，Science 期刊发表了一篇题为：Gradual emergence followed by exponential spread of the SARS-CoV-2 Omicron variant in Africa 的研究论文。该研究称，在新冠病毒Omicron突变株首次被发现（2021年11月）之前，它的祖先就已经在非洲广大地区逐渐出现和进化。

然而，2022年12月20日，该论文上线不足一个月就被撤稿，在撤稿通知中，参与该论文的87位研究人员承认，该研究的关键基因组序列被污染，因此导致了错误结论。

这篇论文几乎从发表的那一刻起就受到了批评，一些研究人员认为，如果这项研究先以预印本形式发布，让独立科学家发表评论，这个问题本可以避免。牛津大学进化病毒学家Aris Katzourakis 表示，如果这篇文章在预印本上线，在几天内就会在Twitter上被“喷死”。

关于Omicron的起源，科学家们提出了三种观点，第一种是病毒在动物宿主上经历了长时间进化，然后“跳跃”到了人类身上；第二种是病毒在患有慢性感染的病人身上经历了长时间进化；第三种是该病毒一直在某个地区悄然传播和进化。

这篇Science 论文似乎证实第三种观点。研究团队通过使用Omicron特异性检测方法筛选来自非洲各地的新冠患者的数千个旧样本，研究人员早在2021年8月和9月就在东非和西非的25个患者样本中发现了Omicron的证据，几个月后这种突变株在南部非洲爆发。研究人员对来自贝宁的5个样本的基因组进行了测序，发现它们具有Delta的一些特征和Omicron的一些特征，说明它们是从Delta向Omicron进化的中间阶段。

但在这篇Science 论文发表之前，科学界已经不再认可上述第三种观点，因为如果Omicron真的是随着在人群中传播而逐渐进化，那么它们应该有更多的同义突变（这种突变的基因序列改变，但不会导致蛋白质序列变化）。

斯克里普斯研究所病原体进化专家Kristian Andersen 在深入研究这篇论文后发现，

这篇论文上线后，一些科学家很快发现了问题，例如，论文中的Omicron早期祖先的基因组序列竟然有一些后来才出现的Omicron亚型的典型突变，这说明样本被污染了。

论文作者承认了一些样品存在污染问题，此外，他们从残留样本中再次进行测序，并没有能重复出论文中的结果。

论文的批评者指出，这些问题本应在论文发表前的同行评议中被发现。一位匿名科学家表示，自己被Science 邀请审稿时指出了这篇论文存在的缺陷。

Science 期刊主编 Holden Thorp 表示，审稿人对这篇论文的发表给予了足够多的支持，但他没有详细说明。他还表示，在审稿过程中没有发现这些错误，Science 对此承担责任。

这篇 Science 论文的通讯作者、柏林夏里特医学院的 Jan Felix Drexler 表示，如果当初先在预印本发布，就可以避免这篇论文的发表和撤稿。似乎没有必要急于公布论文中的这些信息，因为这些发现并没有回答紧急公共卫生问题。现在回想起来，确实很后悔。

参考链接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.add8737

https://www.science.org/content/article/we-made-mistake-omicron-origin-study-retracted-after-widespread-criticism

编者按：本文转载自微信公众号：生物世界(ID：ibioworld)，作者：王聪