副本交换动力学T-REMD模拟的温度分布计算器
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大学之道，在明明德，在亲民，在止于至善。知止而后有定，定而后能静，静而后能安，安而后能虑，虑而后能得。物有本末，事有终始，知所先后，则近道矣。——《礼记·大学》
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副本交换动力学T-REMD模拟的温度分布计算器
类别: 科 标签: gmx 编程 js 阅读次数: 版权: (CC) BY-NC-SA
- 2021-09-30 10:45:22
在进行T-REMD模拟前, 有时需要根据给定的交换概率来计算所需的副本数目和每个副本的温度, 为此, GROMACS网站推荐了一个网络工具remd temperature generator. 我在使用时却发现, 这个网页经常无法打开. 幸好, 网页所用的php代码可以在GitHub上找到. 要在本地计算机上使用这些代码, 需要搭建一个支持php的网络服务器. 比较简单的方法是下载安装PhpStudy, 然后将下载的functions.inc, index.php, tgenerator.php放到【phpstudy_pro目录】/WWW下, 然后运行PhpStudy, 开启网络服务,
在浏览器地址栏中输入localhost/index.php就可以打开php版本的温度分布计算器使用了.
虽然上面的方法可行, 也并不是很麻烦, 但如果经常使用, 或者每个需要使用的人都这么整一遍, 我觉得有点不值, 所以我就花了些时间, 将原来的php代码改成javascript的, 做成了一个不需要网络服务的在线工具, 打开网页就可以直接使用, 也可以将网页保存到自己的计算机上离线使用.
工具放在了我的gmxtool, 欢迎使用并提供反馈.
可改进之处
- 工具是用于蛋白水溶液的, 如果溶剂不是水, 暂时无法处理.
- 在计算氢原子和自由度数目时, 采用了基于蛋白的近似方法, 对非蛋白体系, 可能不适用. 可以直接基于拓扑文件来计算.
- 工具假定势能服从高斯分布, 拟合分布的均值和方差时, 也是针对蛋白的, 对其他体系可能不适用. 好点的做法是针对自己的体系, 统计不同温度下的势能分布并拟合其均值和方差, 进而确定所需的温度分布, 但这样做工作量稍大.
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